Chiều ngày 22/5, Yokohama FC có cuộc đối đầu với Nagoya ở J.League Cup (Cup Liên đoàn Nhật Bản). Đây là trận đấu mà Công Phượng đã được HLV Shuhei Yomoda điền tên vào danh sách đăng ký thi đấu sau 5 trận liên tiếp vắng mặt ở J.League.
Nagoya Grampus - đội bóng đang thi đấu ở hạng đấu cao nhất J.League 1 – cho thấy đẳng cấp vượt trội so với Yokohama FC. Yokohama FC thậm chí thủng lưới hai bàn trong vòng ba phút, từ phút thứ 5 đến 7. Việc toàn đội thi đấu bế tắc khiến HLV Yomoda đưa ra thay đổi đầu tiên ở phút 41.
Mizuki Arai là cầu thủ phải rời sân, nhường chỗ cho Nguyễn Công Phượng. Chỉ 3 phút sau khi cựu sao HAGL có mặt trên sân, Yokohama có bàn gỡ nhờ nỗ lực cá nhân của Hinata Ogura. Mặc dù vậy, Công Phượng sớm phải nhận gáo nước lạnh từ thuyền trưởng của Yokohama FC.
Phút 57, Công Phượng bị rút ra và người vào thay là tiền vệ phòng ngự Takuya Wada. Yokohama FC sau đó thậm chí không tìm được bàn gỡ mà còn thủng thêm một bàn ở phút 63 do công của Hiruki Yoshida. Trận thua này khiến đại diện của J.League dừng bước ở vòng 3 Cúp Liên đoàn và sẽ khiến cho cơ hội ra sân của những cầu thủ như Công Phượng càng trở nên ít ỏi.
Việc rời sân chỉ sau 15 phút ở trận đấu vừa qua của Yokohama FC khiến cho ngôi sao sinh năm 1995 không thể ghi điểm với HLV Kim Sang-sik và nhiều khả năng Công Phượng sẽ vắng mặt trong đợt hội quân sắp tới của ĐT Việt Nam.